Il existe de multiples menaces pour le taphien de Maurice comme la pollution lumineuse qui attire les insectes vers la lumière. Certaines chauves-souris qui ne sont pas lucifuges ne peuvent plus manger, c'est ce qu'on appelle le dérèglement  dans la distribution des ressources. 

Ou encore les campagnes de démoustication qui sont censées nous protéger des moustiques mais, qui malencontreusement, causent des problèmes aux chauves-souris. En effet, les chauves-souris  qui ingèrent ces mêmes moustiques avalent tous les jours un peu plus de poison. Ce phénomène s'appelle la bio accumulation. 

Il y a aussi des prédateurs comme le chat, l'homme et des faucons migrateurs tels que  le faucon éléonore et le faucon concolore.

Mais le plus dangereux est la suppression des gîtes qui consiste soit à détruire l'habitat soit à déplacer les individus. 

La population a en effet accumulée d'énormes préjugés au fil du temps sur l'animal et les considère comme des nuisibles en appelant des entreprises spécialisées pour s'en débarrasser.